Dada la singular localización geográfica y el contexto sociodemográfico y deportivo de la comarca de Las Merindades, su lejanía de la capital de la provincia y su cercanía e influencia en otras comunidades autónomas como Cantabria o País Vasco, el Burgos Club de Fútbol S.A.D. ha llegado a un acuerdo de colaboración con el Villarcayo Nela CF en pro del futbol burgalés, a fin de tutelar una Escuela de Fútbol con sede en Villarcayo, que pueda convertirse en referente de la comarca y su zona de influencia.
El objetivo es la formación de jóvenes y el aumento del nivel futbolístico de la comarca de Las Merindades, guiada con la metodología del Burgos CF para que los formadores y jugadores sigan progresando. Gracias a la estrecha comunicación entre ambas entidades, el Burgos estará al tanto de aquellos jugadores que destaquen evitando así que haya «fuga de talento».
Para ello, ambas entidades compartirán sus conocimientos en el diseño de programas deportivos y campus y colaborarán en la tecnificación de sus jugadores, ofreciendo a los que militen en categorías senior la posibilidad de jugar en el primer equipo del Villarcayo Nela CF, a fin de progresar en su formación, siguiendo parte de sus entrenamientos en el Burgos Club de futbol.
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